認識轉錄組定序 !
轉錄組定序及分析技術可以解決新基因的深度發掘、低豐度轉錄本的發現、轉錄圖譜繪製、可變剪接的調控、代謝途徑確定、基因家族鑑定及進化分析等各方面的問題;成為了廣大科研工作者備受青睞的高通量定序技術之一。轉錄組研究的應用領域十分廣泛,適合研究組織特異性的、不同生長發育的、逆境脅迫下的、侵染轉基因的、性狀突變等材料。
轉錄組是在某一特定發育時期或某一生理條件下,細胞或組織內所有轉錄產物的集合,包括mRNA、lncRNA、small RNA、circle RNA等。因此做轉錄組定序理論上可以研究各種長度範圍的RNA序列,目前的常規技術包括mRNA定序、lncRNA定序、smallRNA定序。
研究轉錄組如何著手?
1.根據研究對象,選擇相應的建庫策略
(1)mRNA:可以通過富集polyA的方式來調取mRNA,進行建庫定序;
(2)lncRNA或lncRNA+mRNA:可以通過去rRNA試劑盒去除rRNA後進行建庫定序;
(3)circle RNA:可以通過消化線性RNA,再去除rRNA後進行建庫定序;
(4)small RNA:採用sRNA的建庫策略,對18-40nt範圍的small RNA進行切膠富集後建庫定序。
2.根據研究目的,選擇不同的定序策略
(1)進行基因的可變剪切、挖掘新基因、對現有基因的注釋進行優化、檢測基因融合等結構方面的分析:選擇PE(pair end)定序,定序量則根據物種基因集合的大小來決定。
(2)了解不同樣品間 small RNA的表達差異:選擇SE(single end)定序即可,定序量10M reads以上。
3.基於轉錄組定序的主流研究策略
(1)RNA-seq de novo:基於序列組裝,用於從頭構建某物種的轉錄本序列;
(2)RNA-seq resequencing:對於已有參考基因的物種,進行基因定量、基因可變剪切、基因融合、新基因檢測等分析;
(3)lncRNA-sequencing:主要研究lncRNA的表達量,預測新的lncRNA及其功能;
(4)small RNA sequencing:主要研究和分析small RNA序列,特別是miRNA的表達情況,並預測novel miRNA,miRNA目標基因分析等。
轉錄組定序及分析技術可以解決新基因的深度發掘、低豐度轉錄本的發現、轉錄圖譜繪製、可變剪接的調控、代謝途徑確定、基因家族鑑定及進化分析等各方面的問題;成為了廣大科研工作者備受青睞的高通量定序技術之一。轉錄組研究的應用領域十分廣泛,適合研究組織特異性的、不同生長發育的、逆境脅迫下的、侵染轉基因的、性狀突變等材料。
轉錄組是在某一特定發育時期或某一生理條件下,細胞或組織內所有轉錄產物的集合,包括mRNA、lncRNA、small RNA、circle RNA等。因此做轉錄組定序理論上可以研究各種長度範圍的RNA序列,目前的常規技術包括mRNA定序、lncRNA定序、smallRNA定序。
研究轉錄組如何著手?
1.根據研究對象,選擇相應的建庫策略
(1)mRNA:可以通過富集polyA的方式來調取mRNA,進行建庫定序;
(2)lncRNA或lncRNA+mRNA:可以通過去rRNA試劑盒去除rRNA後進行建庫定序;
(3)circle RNA:可以通過消化線性RNA,再去除rRNA後進行建庫定序;
(4)small RNA:採用sRNA的建庫策略,對18-40nt範圍的small RNA進行切膠富集後建庫定序。
2.根據研究目的,選擇不同的定序策略
(1)進行基因的可變剪切、挖掘新基因、對現有基因的注釋進行優化、檢測基因融合等結構方面的分析:選擇PE(pair end)定序,定序量則根據物種基因集合的大小來決定。
(2)了解不同樣品間 small RNA的表達差異:選擇SE(single end)定序即可,定序量10M reads以上。
3.基於轉錄組定序的主流研究策略
(1)RNA-seq de novo:基於序列組裝,用於從頭構建某物種的轉錄本序列;
(2)RNA-seq resequencing:對於已有參考基因的物種,進行基因定量、基因可變剪切、基因融合、新基因檢測等分析;
(3)lncRNA-sequencing:主要研究lncRNA的表達量,預測新的lncRNA及其功能;
(4)small RNA sequencing:主要研究和分析small RNA序列,特別是miRNA的表達情況,並預測novel miRNA,miRNA目標基因分析等。