認識轉錄組定序 !
轉錄組定序及分析技術可以解決新基因的深度發掘、低豐度轉錄本的發現、轉錄圖譜繪製、可變剪接的調控、代謝途徑確定、基因家族鑑定及進化分析等各方面的問題；成為了廣大科研工作者備受青睞的高通量定序技術之一。轉錄組研究的應用領域十分廣泛，適合研究組織特異性的、不同生長發育的、逆境脅迫下的、侵染轉基因的、性狀突變等材料。
轉錄組是在某一特定發育時期或某一生理條件下，細胞或組織內所有轉錄產物的集合，包括mRNA、lncRNA、small RNA、circle RNA等。因此做轉錄組定序理論上可以研究各種長度範圍的RNA序列，目前的常規技術包括mRNA定序、lncRNA定序、smallRNA定序。
研究轉錄組如何著手？
1.根據研究對象，選擇相應的建庫策略
（1）mRNA：可以通過富集polyA的方式來調取mRNA，進行建庫定序；
（2）lncRNA或lncRNA+mRNA：可以通過去rRNA試劑盒去除rRNA後進行建庫定序；
（3）circle RNA：可以通過消化線性RNA，再去除rRNA後進行建庫定序；
（4）small RNA：採用sRNA的建庫策略，對18-40nt範圍的small RNA進行切膠富集後建庫定序。
2.根據研究目的，選擇不同的定序策略
（1）進行基因的可變剪切、挖掘新基因、對現有基因的注釋進行優化、檢測基因融合等結構方面的分析：選擇PE（pair end）定序，定序量則根據物種基因集合的大小來決定。
（2）了解不同樣品間 small RNA的表達差異：選擇SE（single end）定序即可，定序量10M reads以上。
3.基於轉錄組定序的主流研究策略
（1）RNA-seq de novo：基於序列組裝，用於從頭構建某物種的轉錄本序列；
（2）RNA-seq resequencing：對於已有參考基因的物種，進行基因定量、基因可變剪切、基因融合、新基因檢測等分析；
（3）lncRNA-sequencing：主要研究lncRNA的表達量，預測新的lncRNA及其功能；
（4）small RNA sequencing：主要研究和分析small RNA序列，特別是miRNA的表達情況，並預測novel miRNA，miRNA目標基因分析等。
轉錄組定序及分析技術可以解決新基因的深度發掘、低豐度轉錄本的發現、轉錄圖譜繪製、可變剪接的調控、代謝途徑確定、基因家族鑑定及進化分析等各方面的問題；成為了廣大科研工作者備受青睞的高通量定序技術之一。轉錄組研究的應用領域十分廣泛，適合研究組織特異性的、不同生長發育的、逆境脅迫下的、侵染轉基因的、性狀突變等材料。
轉錄組是在某一特定發育時期或某一生理條件下，細胞或組織內所有轉錄產物的集合，包括mRNA、lncRNA、small RNA、circle RNA等。因此做轉錄組定序理論上可以研究各種長度範圍的RNA序列，目前的常規技術包括mRNA定序、lncRNA定序、smallRNA定序。
研究轉錄組如何著手？
1.根據研究對象，選擇相應的建庫策略
（1）mRNA：可以通過富集polyA的方式來調取mRNA，進行建庫定序；
（2）lncRNA或lncRNA+mRNA：可以通過去rRNA試劑盒去除rRNA後進行建庫定序；
（3）circle RNA：可以通過消化線性RNA，再去除rRNA後進行建庫定序；
（4）small RNA：採用sRNA的建庫策略，對18-40nt範圍的small RNA進行切膠富集後建庫定序。
2.根據研究目的，選擇不同的定序策略
（1）進行基因的可變剪切、挖掘新基因、對現有基因的注釋進行優化、檢測基因融合等結構方面的分析：選擇PE（pair end）定序，定序量則根據物種基因集合的大小來決定。
（2）了解不同樣品間 small RNA的表達差異：選擇SE（single end）定序即可，定序量10M reads以上。
3.基於轉錄組定序的主流研究策略
（1）RNA-seq de novo：基於序列組裝，用於從頭構建某物種的轉錄本序列；
（2）RNA-seq resequencing：對於已有參考基因的物種，進行基因定量、基因可變剪切、基因融合、新基因檢測等分析；
（3）lncRNA-sequencing：主要研究lncRNA的表達量，預測新的lncRNA及其功能；
（4）small RNA sequencing：主要研究和分析small RNA序列，特別是miRNA的表達情況，並預測novel miRNA，miRNA目標基因分析等。