轉錄組_長鏈非編碼RNA定序 (LncRNA-seq)
Lnc RNA Sequencing
技術優勢
● 重複性好：同一樣本重複建庫相關性pearson值大於0.993
● 序列完整：基於高通量定序技術，能夠一次性獲得樣本中幾乎全部的lncRNA信息
● 分析嚴謹：不侷限於對已知lncRNA的研究，還能夠進行新lncRNA預測
● 物種多元：能夠對包括人類、動植物在內的許多物種的lncRNA進行分析和預測
● 關聯全面：能夠結合mRNA以及small RNA數據，進行多方位的調控關聯分析
技術流程
生物訊息分析
標準訊息分析
--定序數據質控
--rRNA比對分析
--基因組比對分析
--樣品lncRNA預測
--樣品轉錄本覆蓋統計分析
--表達量分析
--差異基因篩選
--組間差異基因篩選
--表達模式聚類分析
--基於鹼基配對的lncRNA-mRNA互作分析
--基因上下游lncRNA的註釋
--miRNA前體預測
--lncRNA家族預測
進階訊息分析（需要有mRNA以及smallRNA分析結果）
mRNA，smallRNA和LncRNA聯合分析
報告內容範例
實驗範例
|
Lnc RNA分析服務
|
|
| 統計分析 | 1000 / sample |
| *2組以上 多組比較(>20) | 3000 / group |
| *客製化需求 |
|
長鏈非編碼RNA（Long non-coding RNA, lncRNA）是一類長度大於200 nt且不表現出蛋白質編碼潛能的RNA，參與了X染色體沉默，基因組印記以及染色質修飾，轉錄激活，轉錄干擾，核內運輸等多種重要的調控過程，涉及到表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄後調控等多個層面。LncRNA測序使用特定方法（如採用Ribo-Off系列Kit）降低樣本中rRNA的豐度，對富集到的RNA進行文庫構建，然後，利用高通量定序產出的數據進行信息分析，能夠快速全面、準確地獲得與特定生物學過程（例如發育、疾病等）相關lncRNA的信息。
技術優勢
● 重複性好：同一樣本重複建庫相關性pearson值大於0.993
● 序列完整：基於高通量定序技術，能夠一次性獲得樣本中幾乎全部的lncRNA信息
● 分析嚴謹：不侷限於對已知lncRNA的研究，還能夠進行新lncRNA預測
● 物種多元：能夠對包括人類、動植物在內的許多物種的lncRNA進行分析和預測
● 關聯全面：能夠結合mRNA以及small RNA數據，進行多方位的調控關聯分析
生物訊息分析
標準訊息分析
--定序數據質控
--rRNA比對分析
--基因組比對分析
--樣品lncRNA預測
--樣品轉錄本覆蓋統計分析
--表達量分析
--差異基因篩選
--組間差異基因篩選
--表達模式聚類分析
--基於鹼基配對的lncRNA-mRNA互作分析
--基因上下游lncRNA的註釋
--miRNA前體預測
--lncRNA家族預測
進階訊息分析（需要有mRNA以及smallRNA分析結果）
mRNA，smallRNA和LncRNA聯合分析
實驗範例
LncRNAs和增強子RNAs在人單核白細胞中調控脂多糖引起的炎症反應
早期報告表明lncRNAs是生物反應的新的調控因子。然而，它們在最初防禦感染的人先天免疫反應中作用還不是很清楚。該研究利用RNA測序技術對人主要單核細胞的lncRNA進行了描述，發現76個增強子RNAs（eRNAs，enhancer RNAs），40個常規lncRNAs，65個反義lncRNAs和35個雙向轉錄區域（RBT，regions of bidirectional transcription）在對於細菌脂多糖（LPS，lipopolysaccharide）的反應中差異表達（圖1）。至關重要的是，該研究證明敲掉IL1b基因座周圍的nuclear-localized，NF-κB-regulated，eRNAs（IL-1b-eRNA）和RBT（IL-1b-RBT46）後，LPS引起的mRNA轉錄以及促炎介質，IL-1b和CXCL8的釋放會轉弱。該研究預測lncRNAs是人先天免疫反應的重要調控因子。
圖1：lncRNA預測流程以及人單核白細胞中LPS對於lncRNA表達的調節
參考文獻
Nicholas E. IIltt, James A. Heward, et al. Long non-coding RNAs and enhancer RNAs regulate the lipopolysaccharide-induced inflammatory response in human monocytes. Nature Communications (2014)5:3979
早期報告表明lncRNAs是生物反應的新的調控因子。然而，它們在最初防禦感染的人先天免疫反應中作用還不是很清楚。該研究利用RNA測序技術對人主要單核細胞的lncRNA進行了描述，發現76個增強子RNAs（eRNAs，enhancer RNAs），40個常規lncRNAs，65個反義lncRNAs和35個雙向轉錄區域（RBT，regions of bidirectional transcription）在對於細菌脂多糖（LPS，lipopolysaccharide）的反應中差異表達（圖1）。至關重要的是，該研究證明敲掉IL1b基因座周圍的nuclear-localized，NF-κB-regulated，eRNAs（IL-1b-eRNA）和RBT（IL-1b-RBT46）後，LPS引起的mRNA轉錄以及促炎介質，IL-1b和CXCL8的釋放會轉弱。該研究預測lncRNAs是人先天免疫反應的重要調控因子。
圖1：lncRNA預測流程以及人單核白細胞中LPS對於lncRNA表達的調節
參考文獻
Nicholas E. IIltt, James A. Heward, et al. Long non-coding RNAs and enhancer RNAs regulate the lipopolysaccharide-induced inflammatory response in human monocytes. Nature Communications (2014)5:3979