染色質免疫共沉澱定序（ChIP-seq）

　
ChIP Sequencing

建議ChIP轉換使用新技術 CUT & Tag NGS Sequencing and Bioinformatic Analysis

CUT & Tag（Cleavage Under Targets & Tagmentation）技術是一種研究蛋白質-DNA相互作用的新方法。
Kaya-Okur et al. 最先發表在 Nature Communications (2019) 10:1930 
將單一細胞(Single cell) 使用 Protein A/G 融合的轉座酶 (Tn5, Transposase)，
在抗體引導下 精準靶向 目標蛋白，並在目的位點附近進行 DNA的片段化。
優化了實驗反應體系和建庫流程，與傳統的 ChIP-Seq 相比，
具有細胞投入量低、實驗週期短、信噪比高、可重複性好 等優勢，
尤其適用於早期胚胎發育、幹細胞、腫瘤以及表觀遺傳學等研究領域，
已經累績超過300篇以上的文獻發表

CUT & Tag NGS Sequencing and Bioinformatic Analysis

Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for Illumina (Vazyme, TD903)




  產品說明  
染色質免疫共沉澱（Chromatin Immunoprecipition, ChIP）是研究體內蛋白質與DNA相互作用的經典實驗方法，與第二代定序技術相結合，ChIP Sequencing（ChIP-seq）可以在全基因組範圍內對蛋白的結合位點進行高效而準確的篩選與鑑定，廣泛應用於組蛋白修飾，特定轉錄因子的基因調控作用研究等相關領域，為差異化表觀遺傳變異的原理揭示提供了重要的解決思路。


  應用領域  

組蛋白修飾，轉錄因子，RNA polymerase II等。
 

  技術優勢  

●  高靈敏度：數字化的定序數據提供精確識別的低豐度的ChIP序列及數量信息。
●  可靠性高：比ChIP-Chip具有更低的背景，無交叉雜交非特異性。
●  性價比高：基於抗體富集目標區域，有效降低定序數據量
●  檢測範圍廣：可在全基因組範圍內鑑定轉錄因子/組蛋白的結合位點
●  更低的樣本起始量：僅需10ng（單次）以上免疫沉澱後的DNA
 
  技術流程  

 

*文庫構建產品
TruePrep DNA Library Prep Kit V2 for Illumina (TD503) ：適用於片段化不完全之DNA 。
VAHTS Universal DNA Library Prep Kit for Illumina V3 (ND607)：適用於片段化完全之DNA。







  生物訊息分析  

標準訊息分析
1. 去接頭污染，去低質量reads和產量情況統計
2. ChIP定序序列與參考基因組序列的比對
3. ChIP定序唯一reads在全基因組的分佈
4. 統計ChIP定序數據富集區域（Peak）的信息
5. Peak相關基因篩選與GO功能聚類分析、Pathway分析
6. 多個樣品間的定量差異分析
7. UCSC genome browser使用說明

進階訊息分析
1. Binding motif分析

資料庫參考
1. TFBIND (http://tfbind.hgc.jp/)
2. Promo (http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3)
  報告內容範例  
 





参考資料
--Martiniano M, Rodrigo M, Silin Zhong, et al. Genome-wide data (ChIP-seq) enabled identification of cell wall-related and aquaporin genes as targets of tomato ASR1, a drought stress-responsive transcription factor. BMC Plant Biol. 2014; 14: 29.
--www.strand-ngs.com

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• TruePrep DNA Library Prep Kit V2 for Illumina (TD503)
• VAHTS Universal DNA Library Prep Kit for Illumina V3 (ND607)
 
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