宏觀基因組定序(Metagenomics)
Metagenomics Service
多源基因體學或環境微生物菌相及微生物群 ( Microbiome )分析
分析項目及流程
樣本於抽取DNA後，按V3-V5定序區域，使用帶有adaptor的特異引物進行PCR擴增與純化，進行定量後使用MiSeq PE300定序並獲得長度≥585bp的原始數據。
樣品需求 : 100 ng gDNA, 260/280 ratio >1.8。
報告內容與範例說明
Primary Data Analysis
. Sequencing data。
. Taxonomy profile。
•物種組成分析為將OTU代表序列分別與資料庫進行比對，獲得OTU的物種注釋。並依照注釋結果將相對豐度、物種分類、演化距離等結果以視覺化圖形呈現。
Comprehensive Data Analysis
Phylogenetics Analysis
• Alpha多樣性通常用於度量群落生態中物種的豐富度，是反映物種豐富度和均勻度的綜合指標。Alpha多樣性又稱為生境內的多樣性（within-habitat diversity）。我們基於OTU的統計結果，計算樣品的alpha多樣性。一般在文獻中多次出現的多樣性指數為observed_species、shannon、Chao1和Simpson，用來分析物種變化趨勢。
• Beta多樣性是指不同環境群落之間的物種差異性。Beta多樣性與alpha多樣性一起構成了總體多樣性或一定環境群落的生物異質性。Beta多樣性分析通常由計算環境樣品間的距離矩陣開始，該矩陣包含任意兩個樣品間的距離，主要通過主座標分析（Principal coordinates analysis，PCoA）、主成分分析（Principal component analysis，PCA）、多維尺度分析（Multidimensional scaling，MDS）、群集分析（Clustering analysis）、相似性分析（Analysis of similarities，ANOSIM）等方法，對群落資料結構進行自然分解並通過對樣本排序（Ordination），從而觀察樣本之間的差異。其中，PCoA分析常用於微生物研究論文中，用於檢驗樣本分類是否合理。
•LDA Effect Size (biomarker finding)
•BUGbase (microbiome phenotypes analysis)
•PICRUSt (function analysis)
報告範例參考
人體微生物亮點研究
【01】Science：腸道微生物竟然影響癌症免疫治療效果.
【02】Nat Med：嬰兒腸道微生物繁榮興衰史.
【03】Cell Host Mircrobe：新生兒腸道微生物菌群研究.
【04】Nat Med：剔除腸道菌群竟然可以阻斷肥胖.
【05】Science：腸道菌群互相競爭保證腸道生態穩定.
【06】Science：健康不健康 看看腸道菌群就知道.
【07】Cell：改變腸道菌群 預防結腸癌.
【08】Cell：特殊腸道菌群揭示致病分子機制.
【09】Cell Host Microbe：你的腸道菌群誰做主.
【10】Cell Metabol：要减肥，腸道菌群告訴你怎麼吃.
【11】Appl Environ Microbiol：乳房也有細菌.
多源基因體學或環境微生物菌相及微生物群 ( Microbiome )分析
產品說明
16S rDNA位於原核細胞核糖體小亞基上，指的是基因組中編碼核糖體16S rRNA分子對應的DNA序列，也就是16S rRNA的編碼基因。該基因全長約1542bp，由9個可變區和10個保守區組成（可變區為V1到V9），其中保守區反映了生物物種間的親緣關係，而可變區則表明物種間的差異，且變異程度與細菌的系統發育密切相關，被認為是最適於細菌系統發育和分類鑒定的指標。搭配次世代定序( NGS )與生物資訊資料庫比對，得到菌相組成及其親源性。亦可應用在醫學、生態、農業及土壤環境上，探討微生物組成與大環境或生物體間之相關性。
16S rDNA位於原核細胞核糖體小亞基上，指的是基因組中編碼核糖體16S rRNA分子對應的DNA序列，也就是16S rRNA的編碼基因。該基因全長約1542bp，由9個可變區和10個保守區組成（可變區為V1到V9），其中保守區反映了生物物種間的親緣關係，而可變區則表明物種間的差異，且變異程度與細菌的系統發育密切相關，被認為是最適於細菌系統發育和分類鑒定的指標。搭配次世代定序( NGS )與生物資訊資料庫比對，得到菌相組成及其親源性。亦可應用在醫學、生態、農業及土壤環境上，探討微生物組成與大環境或生物體間之相關性。
分析項目及流程
樣本於抽取DNA後，按V3-V5定序區域，使用帶有adaptor的特異引物進行PCR擴增與純化，進行定量後使用MiSeq PE300定序並獲得長度≥585bp的原始數據。
樣品需求 : 100 ng gDNA, 260/280 ratio >1.8。
報告內容與範例說明
Primary Data Analysis
. Sequencing data。
. Taxonomy profile。
•物種組成分析為將OTU代表序列分別與資料庫進行比對，獲得OTU的物種注釋。並依照注釋結果將相對豐度、物種分類、演化距離等結果以視覺化圖形呈現。
Comprehensive Data Analysis
Phylogenetics Analysis
• Alpha多樣性通常用於度量群落生態中物種的豐富度，是反映物種豐富度和均勻度的綜合指標。Alpha多樣性又稱為生境內的多樣性（within-habitat diversity）。我們基於OTU的統計結果，計算樣品的alpha多樣性。一般在文獻中多次出現的多樣性指數為observed_species、shannon、Chao1和Simpson，用來分析物種變化趨勢。
• Beta多樣性是指不同環境群落之間的物種差異性。Beta多樣性與alpha多樣性一起構成了總體多樣性或一定環境群落的生物異質性。Beta多樣性分析通常由計算環境樣品間的距離矩陣開始，該矩陣包含任意兩個樣品間的距離，主要通過主座標分析（Principal coordinates analysis，PCoA）、主成分分析（Principal component analysis，PCA）、多維尺度分析（Multidimensional scaling，MDS）、群集分析（Clustering analysis）、相似性分析（Analysis of similarities，ANOSIM）等方法，對群落資料結構進行自然分解並通過對樣本排序（Ordination），從而觀察樣本之間的差異。其中，PCoA分析常用於微生物研究論文中，用於檢驗樣本分類是否合理。
•BUGbase (microbiome phenotypes analysis)
報告範例參考
人體微生物亮點研究
【01】Science：腸道微生物竟然影響癌症免疫治療效果.
【02】Nat Med：嬰兒腸道微生物繁榮興衰史.
【03】Cell Host Mircrobe：新生兒腸道微生物菌群研究.
【04】Nat Med：剔除腸道菌群竟然可以阻斷肥胖.
【05】Science：腸道菌群互相競爭保證腸道生態穩定.
【06】Science：健康不健康 看看腸道菌群就知道.
【07】Cell：改變腸道菌群 預防結腸癌.
【08】Cell：特殊腸道菌群揭示致病分子機制.
【09】Cell Host Microbe：你的腸道菌群誰做主.
【10】Cell Metabol：要减肥，腸道菌群告訴你怎麼吃.
【11】Appl Environ Microbiol：乳房也有細菌.