Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
為使用RNA-Seq分析結果之Geneset進行富集分析,以推測是否與特定功能相關。
流程簡述
基因按照在差異表達之程度排序,而後檢驗預先設定的基因集合是否富集在這個Geneset排序表的頂端或者底端。
由於基因集合富集分析檢測基因集合而不是單個或特定基因的表達變化,因此也包含細微的差異表達的基因,可獲得不同於一般富集分析之結果。
分析結果
參考資料
Volcano plotHeatmap
Enrichment analysis (Gene Ontology, KEGG)
Pathway graph (KEGG)
Package: Pathview